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本書分為上篇、中篇、下篇、附篇四個部分。

上篇為方劑總論，遵循歷史與邏輯統一的原則，通過對學科歷史的追溯，揭示學科具有的經驗實證-理論思辨的特性以及中醫方劑發展應遵循的規律；通過闡述學科基本概念、辨證論治理論以及方劑與其他學科的關係等，揭示方劑學的學科特徵及內涵；通過方劑分類方法和方劑研究方法等介紹，為學習方劑提供初步的方法論指導；通過對中藥配伍和製方原理等的討論，為中篇各類方劑的學習奠定基礎。

中篇為方劑各論，繼續沿用以往教材的基本框架，以據證、立法、組方為邏輯主線，分別介紹了傳統二十一類方劑的基本知識，為系統深入把握方劑學知識提供具體而細節的內容。

下篇為方劑運用，以學科基礎理論和基本知識為背景，從理論與實踐銜接的心智操作上，重點介紹有關方劑實踐運用中的經驗與技術，包括處方的技術要求、臨證選方配伍的思路、古方新用、辨證論治案例、中醫複方新藥研究等內容，為不同專業的學生今後臨床處方，或研究方劑以及開發中藥新藥提供一定的經驗或知識儲備。

附篇則包括了古今度量衡參考、方劑的漢語拼音和英文索引等，以便於學習中參考查閱。